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Home page > Analyse d’image > Outils téléchargeables (ImageJ)

Téléchargements

Utilitaires imageJ

La majeure partie des outils présentés ici ont été développés au PIQ et peuvent être modfiées selon vos besoins. Les tâches répétitives de type conversion de format peuvent êtres facilement automatisées, envoyez vos demandes à l’ingénieur de la plateforme (Mail)

Barres d’outils

Les barres d’outils sont à copier dans le répertoire ImageJ\macros\toolsets (clic droit, enregistrer sous ...)

toolbar PIQ user: Fonctions les plus courantes pour les utilisateurs passifs.
toolbar PIQ dev: Fonctions utilisée pour le développement de méthodes d’analyse.

Plugins et macro

Les macros sont à copier dans le répertoire ImageJ\plugin. Les macros PIQ ont étés développés pour des plateformes windows et la plupart ne fonctionneront pas sous Mac.

Bio-format (University of Wisconsin-Madison) : Utilitaire pour ouvrir la majeure partie des formats d’images utilisés en biologie (anciennement LOCI-tools).

Lif to tif (PIQ): Extrait toutes les images d’un fichier Leica .lif (créé par le confocal Leica SEP) et les enregistre en .tif dans un nouveau sous dossier. Cette macro ne fonctionne que si le plugin Bio-format est installé.

Overlay_FW4000 (PIQ): Reconstruit des stacks mutlicanaux à partir des images brutes de leica FW 4000 ou sur le leica ASMDW. (cette macro en prends pas en compte les séries z ni t

Hyperstack_FW4000 (PIQ): Prends les images d’un time laspe multi-position acquises sur le leica FW 4000 ou sur le leica ASMDW et crée un stack 5D par position dans un nouveau répertoire.

Labview_to_tif (PIQ): Convertis un répertoire d’images du microscope 2 photons au format de labview en image TIF. L’utilisateur doit entrer les dimensions et l’offset de l’image. Le répertoire source doit contenir exculsivement des images labview sans extension.

RGB_converter (PIQ): Convertis tout les .tif d’un répertoire en .tif RGB dans un nouveau sous dossier.

Intensity_Curve_Hyperstack (PIQ): Sur un stack multidimensionnel , cette macro permet de tracer la courbe de variation du signal selon l’axe défini par l’utilisateur (temporel,vertical ou spectral). Les mesures sont faites sur une région sélectionnée par l’utilisateur.

Liste_des_lut_imageJ (PIQ): Crée un tableau présentant toutes les luts actuellement chargées dans imageJ.

Image Stabilizer (Kang Li): Stabilise les stacks temporels où l’image se décale aléatoirement entre chaque plan successif.

Stabilizer local (PIQ): Cette macro nécessite Image Stabiliser. Elle permet de stabiliser l’image en prenant comme référence une zone définie par l’utilisateur.

Split Chip to multi chan (PIQ): A partir d’une image 512*1024 présentant 2 canaux côte à côte, cette macro reconstruit une image 2 canaux en 512*512.

Chan_shifter(3D) (PIQ): Dans une image 3D, cette macro permet de décaler un canal par rapport aux autres. Le déplacement peut être fait dans les 3 dimensions x, y ou z. La macro ne fonctionne pas sur les hyperstacks (3d+t)

Fluorescence_compensation (PIQ): Outil de compensation de fluorescence pour corriger le chevauchement spectral.

3D Scalebar (PIQ): Ajoute une barre d’échelle en 3D (barreau) facile à visualiser dans une présentation animée d’une projectio 3D.

Look up table

Les luts sont à copier dans le répertoire ImageJ\luts

Rainbow.lut: Lut arc-en-ciel: dégradé de teintes conservant une luminosité et une saturation constante.