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Home page > Analyse d’image > Outils téléchargeables (ImageJ)

Téléchargements

Utilitaires imageJ

La majeure partie des outils présentés ici ont été développés au PIQ et peuvent être modfiées selon vos besoins. Les tâches répétitives de type conversion de format peuvent êtres facilement automatisées, envoyez vos demandes à l’ingénieur de la plateforme (Mail)

Barres d’outils

Les barres d’outils sont à copier dans le répertoire ImageJ\macros\toolsets (clic droit, enregistrer sous ...)

toolbar PIQ user: Fonctions les plus courantes pour les manipulations usuelles.
toolbar PIQ dev: Fonctions utilisée pour le développement de méthodes d’analyse.

Plugins et macro

Les macros sont à copier dans le répertoire ImageJ\plugin. Les macros PIQ ont étés développés pour des plateformes windows et la plupart ne fonctionneront pas sous Mac.

Bio-format (University of Wisconsin-Madison) : Utilitaire pour ouvrir la majeure partie des formats d’images utilisés en biologie (anciennement LOCI-tools).

Lif to tif (PIQ): Extrait toutes les images d’un fichier Leica .lif (créé par le confocal Leica SEP) et les enregistre en .tif dans un nouveau sous dossier. Cette macro ne fonctionne que si le plugin Bio-format est installé.

nd to tif (PIQ): Reconstruit des stacks multicanaux à partir des acquisitions au format .nd avec Metamorph. Cette macro fonctionne avec les images multicanaux, les Z-stacks, les timelapes et les timelapses multipositions. Elle conserve les métadonnées d’échelle sur XY si elles sont paramétrées dans le poste d’acquisition. Elle ne retrouve pas les dates des timelapses, ni l’échelle sur Z. Pour l’utiliser, sélectionner le fichier *.nd à convertir Cette macro est indiquée pour le vidéomicroscope FW 4000

nd to tif batch (PIQ): Cette version de nd to tif convertis toutes les images d’un répertoire contenant plusieurs fichiers .nd .

Overlay_FW4000 (PIQ): Reconstruit des stacks multicanaux à partir des images brutes du vidéomicroscope leica ASMDW (ne prends pas en compte ni les séries z ni les series t)

Hyperstack_FW4000 (PIQ): Prends les images d’un time laspe multi-position acquises sur le leica ASMDW et crée un stack 5D par position dans un nouveau répertoire.

Labview_to_tif (PIQ): Convertis un répertoire d’images du microscope 2 photons au format de labview en image TIF. L’utilisateur doit entrer les dimensions et l’offset de l’image. Le répertoire source doit contenir exculsivement des images labview sans extension.

Image_converter (PIQ): Sélectionne tout les images d’un format choisi d’un même répertoire puis les convertis et les enregistre dans un nouveau sous dossier. fonctionne avec les formats suivants: tif multicanaux, RGB-tif, raw, jpeg, jpg, png, bmp , gif

Intensity_Curve_Hyperstack (PIQ): Sur un stack multidimensionnel , cette macro permet de tracer la courbe de variation du signal selon l’axe défini par l’utilisateur (temporel,vertical ou spectral). Les mesures sont faites sur une région sélectionnée par l’utilisateur.

Liste_des_lut_imageJ (PIQ): Crée un tableau présentant toutes les luts actuellement chargées dans imageJ.

Image Stabilizer (Kang Li): Stabilise les stacks temporels où l’image se décale aléatoirement entre chaque plan successif.

Stabilizer local (PIQ): Cette macro nécessite Image Stabiliser. Elle permet de stabiliser l’image en prenant comme référence une zone définie par l’utilisateur.

Split Chip to multi chan (PIQ): A partir d’une image 512*1024 présentant 2 canaux côte à côte, cette macro reconstruit une image 2 canaux en 512*512.

Chan_shifter(3D) (PIQ): Dans une image 3D, cette macro permet de décaler un canal par rapport aux autres. Le déplacement peut être fait dans les 3 dimensions x, y ou z. La macro ne fonctionne pas sur les hyperstacks (3d+t)

Fluorescence_compensation (PIQ): Outil de compensation de fluorescence pour corriger le chevauchement spectral.

3D Scalebar (PIQ): Ajoute une barre d’échelle en 3D (barreau) facile à visualiser dans une présentation animée d’une projectio 3D.

Radial Profile Extended: (PIQ) Update de Radial Profile Plugin (Paul Baggethun) par Philippe Carl. Ce plugin établis un profil d’intensité radiale en intégrant l’ensemble des rayons d’un disque ou en restreignant l’angle d’ouverture des rayaons analysés. Il peut également être utilisé pour mesurer la taille d’objets circulaires

Colocalization_Finder: (PIQ) Update de Colocalization Finder (Jerôme Mutterer) par Philippe Carl. Ce plugin réalise le corrélogramme (Scatter Plot) et mesure le coefficient de Pearson sur des essais de colocalisation. Il peux également être utilisé pour de la mesure de brillance et fonctionne avec des images de n’importe quel format.

Look up table

Les luts sont à copier dans le répertoire ImageJ\luts

Rainbow.lut: Lut arc-en-ciel: dégradé de teintes conservant une luminosité et une saturation constante.