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Analyse d’images

Présentation

La plateforme dispose de 3 stations d’analyse performantes et d’un serveur de stockage en RAID 5 accessibles gratuitement. Elles sont en en libre accès mais doivent toutefois faire l’objet d’une réservation pour les utilisations prolongées telle que la déconvolution.

Pour une partie des instruments développés au laboratoire, nous concevons nos propres outils de pilotage (Labview, micromanager) Nous développons également des outils d’analyse dont certaines contribuent à l’évolution et aux mises à jour d’imageJ.

Le développement d’outils spécifiques à la demande (programmes ou macros) est possible dans le cas d’une demande de projet.

Logiciels disponibles

- Logiciels avec licence:
Autoquant X 2.2 (2 licences): Déconvolution (widefield et confocal), visualisation 3d, ratiométrie, tracking et mesures de fret en intensité.
Autodeblur: Déconvolution en batchprocessing sur la base de données des vidéomicroscopes leica.
Metamorph offline:Mesures et analyses
Amira 3.1: Visualisation et analyse tridimentionnelle
SPCImage: Analyse d’images de FLIM
Pulse 5 : Imagerie en temps de vie
SIMfcs: Analyse de FCS et RICS
PUNIAS: Mesure de forces en AFM
Matlab: Programation, analyses mathématiques
Igor Pro: Mesures, analyses et programmation
Origin :Statistiques et graphiques
Photoshop: Retouche et photomontage

- Logiciels libres:
ImageJ, FIJI: Mesures, analyses et programmation
Gimp: Retouche et photomontage
Leica LAS-AF Lite: Browser d’images confocales Leica (format .lif)
Quickfit: Analyses de courbes
RapidStorm: Analyse de STORM
R: Programmation et environnement statistique